PROTEUS Structure Prediction Server 2.0
Comprehensive 2D and 3D structure predictions
 
 
 
PROTEUS2 prediction (ID=3609822) complete
Summary:
 
  • Time of Submission: 11:55:36 Mar 12, 2008
  • Sequence Name: b
  • Number of residues read in: 377
  • Sequence matches a transmembrane helicle sequence.
  • Sequence is a transmembrane beta-barrel protein.
  • Sequence has a signal peptide.
  • Number of useable PDB homologs found: 1
  • Number of sequence alignments used for ab-initio predictions: 49
  • Overall confidence value: 90.0%
  • Predicted % Helix content: 10 % (36 residues)
  • Predicted % Beta sheet content: 48 % (182 residues)
  • Predicted % Coil content: 42 % (159 residues)
  • Predicted % Signal peptide content: 5 % (20 residues)
  • Predicted % membrane content: 0 % (0 residues)
  • Homology modelling was successful

Graphical Alignment of Transmembrane PDB Homologs:

Conserved Domains
Legend:
  H = Helix
E = Beta Strand
C = Coil
T = Membrane helix
B = Membrane strand
S = Signal peptide
c = Cleavage site
Line 1 = sequence (single letter IUPAC code, 60 characters per line)
Line 2 = secondary structure (H, E or C)
Line 3 = confidence score (0-9, 0 = low, 9 = high)


Predicted Complete Secondary Structure:
  A '*' character above the overall prediction indicates the homolog's structure was used at this residue.
   1  MKKSLIALAVLAASGAAMAQSSVTLFGIVDTNVAYVNKDAAGDSRYGLGTSGASTSRLGL 60
     
SSSSSSSSSSSSSSSSSSSScBBBBBBBBBBBBBBBBCCCCCBBBBBBBBCCCCBBBBBB
      999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999

  61  RGTEDLGGGLKAGFWLEGEIFGDDGNASGFNFKRRSTVSLSGNFGEVRLGRDLVPTSQKL 120
     
BBBBCCCCCBBBBBBBBBBBBCCCCCCCCCCCCBBBBBBBBBCCBBBBBCEEECHHHHHH
      999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999

 121  TSYDLFSATGIGPFMGFRNWAAGQGADDNGIRANNLISYYTPNFGGFNAGFGYAFDEKQT 180
     
HHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEECCCCCCEEECBBBBBBCCCCCBBBBBBBBBCCCCC
      999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999

 181  IGTADSVGRYIGGYVAYDNGPLSASLGLAQQKTAVGGLATDRDEITLGASYNFGVAKLSG 240
     
CCCCCCCCBBBBBBBBBBCCCBBBBBBBBBBBBBCCCBBBBBBBBBBBBBBBCCCBBBBB
      999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999

 241  LLQQTKFKRDIGGDIKTNSYMLGASAPVGGVGEVKLQYALYDQKAIDSKAHQITLGYVHN 300
     
BBBBBBBBBCCCCBBBBBBBBBBBBBBCCCCBBBBBBBBBBBBCCCCBBBBBBBBBBBBB
      999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999

 301  LSKRTALYGNLAFLKNKDASTLGLQAKGVYAGGVQAGESQTGVQVGIRHAFDKLLLMILM 360
     
CCCBBBBBBBBBBBBBBCCCCBBBBBCCCCCEEEECCBBBBBBBBBBBBBBHHHTTTTTT
      999999999999999999999999999999999999999999999999999888999999

 361  LIFLAWLVLSTLALFRD 377
     
TTTTTTTTTTTTTTTTT
      99999999999999999



Predicted Signal Peptide Structure (only showing first 60 residues):
 
   1  MKKSLIALAVLAASGAAMAQSSVTLFGIVDTNVAYVNKDAAGDSRYGLGTSGASTSRLGL 60
     
SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSc---------------------------------------


Predicted Transmembrane Structure:
 

3D-TO-2D MAPPING FOR TRANSMEMBRANE HOMOLOGS:

QUERY MKKSLIALAVLAASGAAMAQSSVTLFGIVDTNVAYVNKDAAGDSRYGLGTSGASTSRLGL 60
1E54A ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~SSVTLFGIVDTNVAYVNKDAAGDSRYGLGTSGASTSRLGL
      ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~CBBBBBBBBBBBBBBBBCCCCCBBBBBBBBCCCCBBBBBB


  61  RGTEDLGGGLKAGFWLEGEIFGDDGNASGFNFKRRSTVSLSGNFGEVRLGRDLVPTSQKL 120
1E54A RGTEDLGGGLKAGFWLEGEIFGDDGNASGFNFKRRSTVSLSGNFGEVRLGRDLVPTSQKL
      BBBBCCCCCBBBBBBBBBBBBCCCCCCCCCCCCBBBBBBBBBCCBBBBBCEEECHHHHHH


 121  TSYDLFSATGIGPFMGFRNWAAGQGADDNGIRANNLISYYTPNFGGFNAGFGYAFDEKQT 180
1E54A TSYDLFSATGIGPFMGFRNWAAGQGADDNGIRANNLISYYTPNFGGFNAGFGYAFDEKQT
      HHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEECCCCCCEEECBBBBBBCCCCCBBBBBBBBBCCCCC


 181  IGTADSVGRYIGGYVAYDNGPLSASLGLAQQKTAVGGLATDRDEITLGASYNFGVAKLSG 240
1E54A IGTADSVGRYIGGYVAYDNGPLSASLGLAQQKTAVGGLATDRDEITLGASYNFGVAKLSG
      CCCCCCCCBBBBBBBBBBCCCBBBBBBBBBBBBBCCCBBBBBBBBBBBBBBBCCCBBBBB


 241  LLQQTKFKRDIGGDIKTNSYMLGASAPVGGVGEVKLQYALYDQKAIDSKAHQITLGYVHN 300
1E54A LLQQTKFKRDIGGDIKTNSYMLGASAPVGGVGEVKLQYALYDQKAIDSKAHQITLGYVHN
      BBBBBBBBBCCCCBBBBBBBBBBBBBBCCCCBBBBBBBBBBBBCCCCBBBBBBBBBBBBB


 301  LSKRTALYGNLAFLKNKDASTLGLQAKGVYAGGVQAGESQTGVQVGIRHAFDKLLLMILM 360
1E54A LSKRTALYGNLAFLKNKDASTLGLQAKGVYAGGVQAGESQTGVQVGIRHAF~~~~~~~~~
      CCCBBBBBBBBBBBBBBCCCCBBBBBCCCCCEEEECCBBBBBBBBBBBBBB~~~~~~~~~


 361  LIFLAWLVLSTLALFRD 377
1E54A ~~~~~~~~~~~~~~~~~
      ~~~~~~~~~~~~~~~~~



Detailed Prediction Information:
 
    Proteus2 uses a "Jury of Experts" approach involving predictions from PSIPRED ( Jones, 1999 ), JNET ( Barton et al., 2000), TRANSSEC (a locally developed tool), and structural alignment ( XALIGN ). Following is the predicted secondary structure from each component.

PSIPRED
   1  MKKSLIALAVLAASGAAMAQSSVTLFGIVDTNVAYVNKDAAGDSRYGLGTSGASTSRLGL 60
     
CCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEEECCEEEEECCCCCCCEEEEEECCCCCCEEEE
      946789999998877654465469999999579999868787778899658877759999

  61  RGTEDLGGGLKAGFWLEGEIFGDDGNASGFNFKRRSTVSLSGNFGEVRLGRDLVPTSQKL 120
     
EEEEEECCCEEEEEEEEEEEEECCCCCCCCCCCEEEEEEEECCEEEEEEEEECCCHHHHC
      999998898799999867666457877787667579999966878999875468356543

 121  TSYDLFSATGIGPFMGFRNWAAGQGADDNGIRANNLISYYTPNFGGFNAGFGYAFDEKQT 180
     
CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEECCEEECEEEEEEEEECCCCC
      345777656787667777666656776666665668999788575799999999668888

 181  IGTADSVGRYIGGYVAYDNGPLSASLGLAQQKTAVGGLATDRDEITLGASYNFGVAKLSG 240
     
CCCCCCCCEEEEEEEEEECCCEEEEEEEEEEECCCCCCCCCEEEEEEEEEEEECCEEEEE
      888876775899999986677899999987545667665554789999999997899999

 241  LLQQTKFKRDIGGDIKTNSYMLGASAPVGGVGEVKLQYALYDQKAIDSKAHQITLGYVHN 300
     
EEEEEECCCCCCCEEECEEEEEEEEEEECCCEEEEEEEEEEECCCCCCCEEEEEEEEEEE
      999864567777645655799999999767667899999855788899668999999986

 301  LSKRTALYGNLAFLKNKDASTLGLQAKGVYAGGVQAGESQTGVQVGIRHAFDKLLLMILM 360
     
CCCCEEEEEEEEEEEECCCCCCEEEEECCCCCCCCCCCCEEEEEEEEEEEHHHHHHHHHH
      588799999999998668876645655555677789997699999889854689999999

 361  LIFLAWLVLSTLALFRD 377
     
HHHHHHHHHHHHHHHCC
      99999999878877669



JNET
   1  MKKSLIALAVLAASGAAMAQSSVTLFGIVDTNVAYVNKDAAGDSRYGLGTSGASTSRLGL 60
     
CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCEEEEEEEEEEEEEECCCCCCCCCEEEEEECCCCCEEEE
      068999999987555677412103674453236643137898851578761567735543

  61  RGTEDLGGGLKAGFWLEGEIFGDDGNASGFNFKRRSTVSLSGNFGEVRLGRDLVPTSQKL 120
     
EEEECCCCCCEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEECCCCCEEEECCCCCCCCCCC
      101126887223344312423247887787545046787448761588510467405555

 121  TSYDLFSATGIGPFMGFRNWAAGQGADDNGIRANNLISYYTPNFGGFNAGFGYAFDEKQT 180
     
CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEECCCCCCCCCEEEEEECCCCCC
      245766653688765475655554444264466423774115326530025774689999

 181  IGTADSVGRYIGGYVAYDNGPLSASLGLAQQKTAVGGLATDRDEITLGASYNFGVAKLSG 240
     
CCCCCCCCCEEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHH
      999987753367665325876000123444311765313033566531233205135666

 241  LLQQTKFKRDIGGDIKTNSYMLGASAPVGGVGEVKLQYALYDQKAIDSKAHQITLGYVHN 300
     
HHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEECCCCCCCCCCEEEEEEEEEC
      777664127775310052245444554303974426777324889998733788875441

 301  LSKRTALYGNLAFLKNKDASTLGLQAKGVYAGGVQAGESQTGVQVGIRHAFDKLLLMILM 360
     
CCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEECCCCCCCCCCCCEEEEEEEEEEECHHHHHHHCC
      674413346777765148986246761788888899997378887566511244222011

 361  LIFLAWLVLSTLALFRD 377
     
CCHHHHCCCCCCCCCCC
      11012011112235459



TRANSSEC
   1  MKKSLIALAVLAASGAAMAQSSVTLFGIVDTNVAYVNKDAAGDSRYGLGTSGASTSRLGL 60
     
CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEEEEEEEEEECCCCCCCEEEEEECCCCCEEEEE
      975655566667666666578655555566557875557777756899885556788998

  61  RGTEDLGGGLKAGFWLEGEIFGDDGNASGFNFKRRSTVSLSGNFGEVRLGRDLVPTSQKL 120
     
CCCCCCCCCEEEEEEEEEEEEEECCCCCCCCCCEEEEEEEEECCCEEEEEECCEEECCEE
      986677787545788888888767777776766799999985766789865646654546

 121  TSYDLFSATGIGPFMGFRNWAAGQGADDNGIRANNLISYYTPNFGGFNAGFGYAFDEKQT 180
     
EEEECEEEECCCCCCCCCEEEEEECCEEEEEECCEEEEECCCCCCCCCCEEEEEECCCCC
      776454557889986786554566557755776768987878877678679997577887

 181  IGTADSVGRYIGGYVAYDNGPLSASLGLAQQKTAVGGLATDRDEITLGASYNFGVAKLSG 240
     
CCCCCCCCCEEEEEEEECCCCEEEEEEEEEEEEECCCEEEEEEEEEEECCCCCCCCEEEE
      665444676789988984787556788776654446745556788875787775435677

 241  LLQQTKFKRDIGGDIKTNSYMLGASAPVGGVGEVKLQYALYDQKAIDSKAHQITLGYVHN 300
     
EEEEEEEECCCCCCCCCCEEEEHHHHHHCCCCCCEEEEECCCCCCCCCCEEEEEEEEEEC
      655433444544566644454434467655567579997678887777656787778655

 301  LSKRTALYGNLAFLKNKDASTLGLQAKGVYAGGVQAGESQTGVQVGIRHAFDKLLLMILM 360
     
CCCCCHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
      676755788877777589875676556888899888887777655455577888777777

 361  LIFLAWLVLSTLALFRD 377
     
CCCCCCCCCCCCCCCCC
      77777777778788878



JURY-OF-EXPERTS PREDICTION
   1  MKKSLIALAVLAASGAAMAQSSVTLFGIVDTNVAYVNKDAAGDSRYGLGTSGASTSRLGL 60
     
CCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEEEEEEEEEECCCCCCCEEEEEECCCCCEEEEE
      985889999999988765676899999997689999868998859999985899869999

  61  RGTEDLGGGLKAGFWLEGEIFGDDGNASGFNFKRRSTVSLSGNFGEVRLGRDLVPTSQKL 120
     
EEEEECCCCEEEEEEEEEEEEECCCCCCCCCCCEEEEEEEECCCEEEEEEECCCCCCCCC
      988877998799999997677667776787776899999958977999987588756657

 121  TSYDLFSATGIGPFMGFRNWAAGQGADDNGIRANNLISYYTPNFGGFNAGFGYAFDEKQT 180
     
CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEECCCCCCCEEEEEEEECCCCC
      777676666777777777666666776666767689999667666767899999868877

 181  IGTADSVGRYIGGYVAYDNGPLSASLGLAQQKTAVGGLATDRDEITLGASYNFGVAKLSG 240
     
CCCCCCCCEEEEEEEEECCCCEEEEEEEEEEECCCCCCCEEEEEEEEEEEEECCCEEEEE
      767777867999999985897689989876764788876567888877666668757889

 241  LLQQTKFKRDIGGDIKTNSYMLGASAPVGGVGEVKLQYALYDQKAIDSKAHQITLGYVHN 300
     
EEEEEEECCCCCCCEEEEEEEEEEEEEECCCCEEEEEEEEECCCCCCCCEEEEEEEEEEE
      886555467777756557989886555467876899999985788888689999999996

 301  LSKRTALYGNLAFLKNKDASTLGLQAKGVYAGGVQAGESQTGVQVGIRHAFDKLLLMILM 360
     
CCCCEEEEEEEEEEEECCCCCEEEEEECCCCCCCCCCCCEEEEEEEEEEEHHHHHHHHHH
      899857877777677569998688886688776777775778999988745888899887

 361  LIFLAWLVLSTLALFRD 377
     
HHHHHHHHHHHCCCCCC
      66777665444566689



PSI-BLAST ALIGNMENTS - 49 SEQUENCES USED BY JNET, TRANSSEC, and PSIPRED
Blast e-value: 4.0E-67
1   >gi|309597|gb|AAA16634.1| outer membrane protein IA
match: MK--K------S----LI-A---------L---T-L-----A--------A----L--------PV---A----------A---M-A------------------------------------D---------V--------TLY----------G------T-IKVG--V-------ET-------S-R----------------S------------------------V------------A--------------Y---------------------------H---------G-A---QADRVK----T--A------TE-----------I--------A--------D-------------L-------------------G---S-KIGF---KGQEDL-G--N-GL---KAIWQ-------LE-------Q--K----A----Y------V--------S-----------S--------T------L----E----G--------------W---G-------------------------------N--------------------R----------QSFIGL-K-G-G-F-----GKVR--VG-R---------LNSVL-KD-TG---------------------------------GF------NP-WE----G--KS-YYLG--------L----S------NI-AQ-------PEER---HV---S---------------VRY-----------DS----PE-FA-G---------F-SG---S---V---------------------------------------------Q---------------Y----------------VP-----------------N---------------D---------------N------------------S---------------------G--------K----------------------------------------------------------------------------------------------N-------R------------------------------S---------------------------E---S--------Y-H--------A--------------GF---NY------------K----------N----------S-------G-------F-------------FV--QYA----------------G-----------------------------S------------Y-------K------------------------------R------------------H-------------------------N-------------------------F--------------------------T-----------------------------------------------------------------------------------------------T--------------------------------------E-----------------------K-----------------------H-----------------------------------Q-----------------------V---------------------------H-------R--------L--------V-----------GGY----------D-H-D-------A-L--YA-SV----------AV---Q--Q----QD-------------------A------------K----------------L---------------T----------------------------W----------------R---------------------D---------------------N-------------------------N------------------------S-------------------------H-------N--------------------S-----------------------------------Q-----T----------E--------------------VAATA-A------------------Y----R--F--GNV----TPRV-S--YA-------H-------------------G----------F------K-----------------------------GSVYDA---------D---------N---------------D---------N------------T--------------Y----------D---------------Q--------V---V-----------VG--AEYDFSK-----RTSALVSAG-----WL-Q---R------------GK------G--T--EK--F-------V---------------AT--------V----G----------G------------------------------------------------------------------------------------------V-GLRHKF~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
query: MK--K------S----LI-A---------L---T-L-----A--------A----L--------PV---A----------A---M-A------------------------------------D---------V--------TLY----------G------T-IKAG--V-------ET-------S-R----------------S------------------------V------------A--------------H---------------------------N---------G-A---Q----A----A--S------VE-----------T--------G--------T-------------GIVDL---------------G---S-KIGF---KGQEDL-G--N-GL---KAIWQ-------VE-------Q--K----A----S------I--------A--------------------G------T----D----S--------------G---W-----G-------------------------N--------------------R----------QSFIGL-K-G-G-F-----GKLR--VG-R---------LNSVL-KD-TG---------------------------------DI------NP-WD----S--KS-DYLG--------V----N------KI-AE-------PEAR--L-I---S---------------VRY-----------DS----PE-FA-G---------L-SG---S---V---------------------------------------------Q---------------Y----------------AL-----------------N---------------D---------------N------------------A---------------------G--------R---------------H-------------------------N-------------------S----------E---------------------S-------------------------------------------------------------------------------Y-H--------A--------------GF---NY------------K----------N----------G-------G-------F-------------FM--QYG----------------G-----------------------------A------------Y-------K------------------------------R------------------H-------------------------Q-------------------------N--------------------------V-------------------------------DDV-------------------------K-----------------------------------I--------------------------------------E-----------------------K-----------------------Y-----------------------------------Q-----------------------I---------------------------H-------R--------L--------V-----------SGY----------D-N-D-------A-L--YA-SV----------AV---Q--Q----QD-------------------A------------K----------------L---------------V-------------------------------------------------------------------K---------------------D-------------------------N------------------------S-------------------------H-------N--------------------S-----------------------------------Q-----T----------E--------------------VAATL-A------------------Y----R--F--GNV----TPRV-S--YA-------H-------------------G----------F------K-----------------------------G--------------S---------F---------------DDADYT----N------------D--------------Y----------D---------------Q--------V---V-----------VG--AEYDFSK-----RTSALVSAG-----WL-Q---E------------GK------G--E--SK--F-------V---------------ST--------A----G----------G------------------------------------------------------------------------------------------V-GLRHKF~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

    
Blast e-value: 2.0E-66
2   >gi|7228486|gb|AAF42477.1| PorA precursor [Neisseria meningit
match: MR--K------K----LT-A---------L---V-L-----S--------A----L--------PL---A----------A---V-A------------------------------------D---------V--------SLY----------G------E-IKAG--V-------EG-------R-NIQLQLTEPLQNIQQP-Q------------------------V------------T--------------K---------------------------R---------K-S---R----I----R---------TK-----------I--------S--------D-------------F-------------------G---S-FIGF---KGSEDL-G--E-GL---KAVWQ-------LE-------Q--D----V----S------V--------A-----------G--------G------G----A----T--------------R---W-----G-------------------------N--------------------R----------ESFVGL-A-G-E-F-----GTLR--AG-R---------VANQF-DD-ASK---AI--D---------------------------------P-WD----S--NN-VVAS--------Q----L------GI-FK-------RHDD--MPV---S---------------VRY-----------DS----PE-FS-G---------F-SG---S---V---------------------------------------------Q---------------F----------------VP-----------------A---------------Q---------------N------------------S---------------------K--------S---------------AYTPAHFVQQTPESQPTLVPAV----V-------------------G----------K---------------------P-------G------------------------------S---------------------------D---V--------Y-Y--------A--------------GL---NY------------K----------N----------G-------G-------F-------------AG--NYA----------------F-----------------------------K------------Y-------A------------------------------K------------------H-------------------------A-------------------------N--------------------------V-------------------------------G---------------------------R-----------------------------------DAFELFLLGSGSDEAKGTDPL------------------K-----------------------N-----------------------H-----------------------------------Q-----------------------V---------------------------H-------R--------L--------T-----------GGY----------E-E-G-------G-L--NL-AL----------AA---Q--L----DL-------------------S------------E----------------N---------------A----------------------------D----------------K---------------------T---------------------K-------------------------N------------------------S-------------------------T-------T--------------------E-----------------------------------I-----A----------A--------------------TASYR-F------------------G----N--A--V-P----R--I-S--YA-------HGFDFIE-------------R----------G------K-----------------------------K--------------G---------E---------------N---------T------------S--------------Y----------D---------------Q--------I---I-----------AG--VDYDFSK-----RTSAIVSGA-----WL-K---R------------NT------G--I--GN--Y-------T---------------QI--------N------------------------------------------------------------------------------------------------------AA-SV-GLRHKF~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
query: MK--K------S----LI-A---------L---T-L-----A--------A----L--------PV---A----------A---M-A------------------------------------D---------V--------TLY----------G------T-IKAG--V-------ET-------S-R----------------S------------------------V------------A--------------H---------------------------N---------G-A---Q----A----A--S------VE-----------T--------G--------T-------------GIVDL---------------G---S-KIGF---KGQEDL-G--N-GL---KAIWQ-------VE-------Q--K----A----S------I--------A--------------------G------T----D----S--------------G---W-----G-------------------------N--------------------R----------QSFIGL-K-G-G-F-----GKLR--VG-R---------LNSVL-KD-TG---------------------------------DI------NP-WD----S--KS-DYLG--------V----N------KI-AE-------PEAR--L-I---S---------------VRY-----------DS----PE-FA-G---------L-SG---S---V---------------------------------------------Q---------------Y----------------AL-----------------N---------------D---------------N------------------A---------------------G--------R---------------H-------------------------N-------------------S----------E---------------------S-------------------------------------------------------------------------------Y-H--------A--------------GF---NY------------K----------N----------G-------G-------F-------------FM--QYG----------------G-----------------------------A------------Y-------K------------------------------R------------------H-------------------------Q-------------------------N--------------------------V-------------------------------DDV-------------------------K-----------------------------------I--------------------------------------E-----------------------K-----------------------Y-----------------------------------Q-----------------------I---------------------------H-------R--------L--------V-----------SGY----------D-N-D-------A-L--YA-SV----------AV---Q--Q----QD-------------------A------------K----------------L---------------V-------------------------------------------------------------------K---------------------D-------------------------N------------------------S-------------------------H-------N--------------------S-----------------------------------Q-----T----------E--------------------VAATL-A------------------Y----R--F--GNV----TPRV-S--YA-------H-------------------G----------F------K-----------------------------G--------------S---------F---------------DDADYT----N------------D--------------Y----------D---------------Q--------V---V-----------VG--AEYDFSK-----RTSALVSAG-----WL-Q---E------------GK------G--E--SK--F-------V---------------ST--------A----G----------G------------------------------------------------------------------------------------------V-GLRHKF~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

    
Blast e-value: 9.0E-65
3   >gi|129118|sp|P18194|OMA2_NEIMC Major outer membrane protein
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28  >gi|40362580|gb|AAR84608.1| outer membrane porin protein [Ent
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29  >gi|16121511|ref|NP_404824.1| outer membrane protein C, porin
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Blast e-value: 2.0E-18
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Blast e-value: 2.0E-13
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Blast e-value: 9.0E-11
44  >gi|1171897|sp|P46026|OP24_HAEIN Outer membrane protein P2 pr
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45  >gi|22982316|ref|ZP_00027591.1| hypothetical protein [Burkhol
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46  >gi|28900021|ref|NP_799676.1| putative outer membrane protein
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48  >gi|27365447|ref|NP_760975.1| OMPH_PHOPR Porin-like protein H
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